在污水处理过程中除了大量微生物对有机物的降解外，还有一些污染物不能被降解，甚至由微生物日常生产所带来的污泥也不能在相对性质上微小。该区域被微生物完全降解。应通过对污水处理设备添加水处理化学品去除这部分污染物。

在这里主要是用于去除水中悬浮固体的凝结剂，用于沉淀和浓缩污泥的絮凝剂，用于杀死水中有害微生物的消毒剂，以及用于清洁膜的膜化学品。然而通常这部分药剂由生物处理部分补充，或者处理生物处理的剩余浓缩物，并且这些药物在污水处理设备中的比例相对较小。

然而、近年来随着污水处理设备的污水指数逐渐开始严格执行一级A标准，许多污水处理设备，尤其是北部地区的污水处理设备、营养水、总氮和总磷的营养比不合理。

在进水中不能依靠污水中所含的碳源来实现降解，要补充碳源和化学铝盐或磷盐等铁盐。而且由于该部分是弥补进水不足的药剂，这部分药剂随着水量或水质的不平衡而增加。这部分药物的成本越来越多地占据污水处理设备的巨大成本一部分。

随着水质标准的实施，药品成本越来越严格，已成为污水处理设备成本的重要组成部分。在一些污水处理设备中，药品的成本已经等于或高于能源消耗的成本。生物过程的调整和管理是污水处理设备成本控制的难点。